商品一覧(カテゴリーページ)で、ページングを行うとページをまたいで同じ商品が表示されてしまう。

カテゴリーページは、デフォルト公開日で並んでいます。商品の公開日が同じものが存在する場合、一つの商品が別のページ番号のページにも表示されてしまう事が起きます。
公開日をずらすか、並び順を公開日以外にカスタマイズすることで回避できます。
このような事は、CSVによる商品登録を行った場合によく見られます。CSVの公開日時のデータを同じにならないようにして登録を行うことをお勧めいたします。