購入後にポイントや値引きでクレジットカードの利用額が0円になる場合、どのように処理すればよいでしょうか？

受注データ編集画面の決済ダイアログから「取消」を行ってください。
システムへの売上計上後24時間経っている場合は、お客様のクレジット決済の明細には履歴（決済時と取消時）が表示されると思います。