キャンセル料金を徴収する仕組みにしたいのですが、WelcartPay の金額変更操作でそのようなことは可能でしょうか？また e-SCOTT Smart では金額変更操作はできないという認識でよろしいですか？

WelcartPay では Welcart の管理画面から金額変更操作ができますが、
e-SCOTT Smart の場合は Welcart の管理画面からはできませんので、
ソニーペイメントサービスの管理画面から操作する必要があります。
また、キャンセル料とは商品代金ではありませんので、
お客様との取引で誤解が生まれないようご留意いただけたらと思います。