商品のCSV一括登録をするとオプション値が勝手に入ってしまう

CSVをテキストエディターで確認してみてください。
行の最後に「,,,,,,,」といったカンマだけの部分があると値無しのオプションが追加されてしまいます。
エクセルで必要の無いセル（列）を削除してからCSVで保存し、上のような状態になっていないことを確かめてください。

エクセルでデータを編集する際、書式設定を「数値」にしないでください。
CSVで保存したときに余計なスペースがデータに入ってしまいます。