こんにちは。
参考サイトを拝見しました。こちらのようにしたいということですと、まず、サイズの共通オプションを作成します。商品では SKU をカラーの数だけ作り、オプションとして、サイズの共通オプションを登録します。
ただしこの場合は、カラーごとにしか在庫管理はできません。サイズを選択しただけでは、カラー×サイズの在庫があるかどうかはわかりません。在庫を持たないお店の場合(こちらのサイトは受注後入荷のようです)は問題ないかもしれませんが、在庫の有無は購入後ご連絡する必要があるかと思います。
単に参考サイトと同じようにするだけでしたら、この手順でできます。カラー×サイズの在庫チェックをしたい場合は、仰るとおりカラー×サイズ分の SKU を登録するしかありません。
もしくは、カラー×サイズ分の SKU を登録した上で、商品詳細ページでは SKU を全て展開するのではなく、在庫のある SKU のみセレクトフィールドに表示して選択させる、というカスタマイズをしているユーザーもいらっしゃいます。