こんにちは。
在庫管理したいので商品オプションとしては対応しきれないと言うことですね。
SKUをセレクトボックスで切り替えられるようにと言うのはとても興味深いものですが、この変更はsingle_item.php だけの変更では済まず簡単には行かないのではと思います。
Welcart はカートに投入する際、単に商品コードや数量だけではなくいろんなデータを決まったフォームで送っています。これらのデータはSKUごとに用意されているので、もしセレクトでSKUを切り替えた場合それらのデータも同様に切り替えられなくてはいけません。それにはきっとJavaScript が必要になってくるでしょう。
例えばJavaScript でフォーム自体を書き換えてしまうスキルがおありでしたら挑戦されてみていいかも。
この変更は見た目簡単そうですが内部的には複雑になりそうな予感がします。
ちなみに、single_item.php はオリジナルのものを作って、アップグレードの時に上書きされないよう退避させる方法が有りますので、これのカスタマイズは問題ありません。その方法はいずれコミュニティー等で紹介いたします。
解決策をお答えできなくて済みません。