お世話になっております。
先程、さくらインターネットのオンラインマニュアルを参照していましたら、
独自ドメインで利用する場合・・・という項がありました。
http://support.sakura.ad.jp/support/manual/rs/ssl/pub_ssl.shtml#case1
注意事項として、独自ドメインでのご利用については、非推奨という例の文言がありますが、その下に、まだ私が試していない方法として、「 pub_ssl 」というディレクトリ(フォルダ)に対して共有SSL設定を行う方法をご紹介という部分がありました。
非推奨だけど、一応やり方を載せてあるということのように思えますが、
home/example/wwwの下にもう一つディレクトリを作り、それを共有SSLに設定してあげると安全という意味なのかと思ってみたりもします。
このトピックの最初の頃に書いたように、wwwの直下にWPを展開している私の場合だと、wpやwordpressといったディレクトリをひとつ作り、そこにWPを展開しなおしてあげたら、OKということでしょうか?
たしかWP3.0でネットワーク化させるには、www直下に展開すべしと記憶していますので、インストール先を変えるのは、不可と思います。
独自SSLは、価格的にみて手が出せないので、場合によっては、独自ドメインの管理を他社へ移すことも検討したいと思います。