画像は背景として使われていますので、画像のサイズと表示される大きさは関係ないです。
ヘッダーの高さを変えるのであれば、style.cssの以下のpaddingの部分を変更すれば、変わりますので、それに合わせて背景の画像を用意すれば良いかと思います。
h1#site-title,
div#site-title {
margin: 0px;
padding: 55px 0px 10px 10px; /* 55pxの部分 */
color: #000;
font-size: 30px;
font-weight: bold;
}
p.discprition {
margin: 0px;
padding: 0px 0px 50px 10px; /* 50pxの部分 */
font-size: 12px;
}