ご回答ありがとうございます。
現状は、functions.phpに以下のように必要なファイルだけの参照先を変更し、templatesフォルダをテーマフォルダ配下に設置しています。
add_filter(‘usces_template_path_single_item’, ‘my_welcart_single_item_path’);
上記のように内蔵テンプレートではなく、/plugins/usc-e-shop/theme/welcart_default/wc_templates/のカスタマイズするフォルダののみをテーマ配下に設置するのが適切ということでしょうか?
しかし、/plugins/usc-e-shop/theme/welcart_default/wc_templates/の必要なファイルだけをテーマフォルダ配下に設置したものの、/plugins/usc-e-shop/templates/のファイルを参照しているようです。(functions.phpの参照記述はコメントアウトしています)