こんにちは。
まず1000を超えるとリンク切れが発生する件ですが、これはパーマリンク設定を/%postname% とした場合、Welcart の商品の限らずWordPress の通常投稿でもこの様な症状になってしまうようです。
つまりWordPress はパーマリンク設定を/%postname% とした場合パーマリンクに4桁以上の数値を指定する事ができないようなのです。
次に商品を複写した際、デフォルトのパーマリンクがポストIDになってしまう件ですが、このパーマリンク生成はWordPress の機能をそのまま利用していますので原因を特定するのに少し時間がかかりそうです。
仮に複写元の商品タイトルが「AAA」で複写先を「AAA(copy)」として、正常にパーマリンクが生成されたとすると、パーマリンクは/AAAcopy となります。このまま放置してしまってよいリンクとは言えませんよね。
また、複写先タイトルを複写元と同じ「AAA」とした場合は、/AAA-2 というパーマリンクが生成されます。
この様に正常にパーマリンクが生成されたとしても、一旦リンクを編集する必要が出てくるのは避けられないと思いますがどうでしょうか。
4桁の数値によるトラブルはこちらの記事にも見られます。
https://www.welcart.com/forum/topic.php?id=319
またこちらの記事もご参照ください。
http://wpdocs.sourceforge.jp/%E3%83%91%E3%83%BC%E3%83%9E%E3%83%AA%E3%83%B3%E3%82%AF%E3%81%AE%E4%BD%BF%E3%81%84%E6%96%B9