ゼウス入金お任せ設定を管理画面から行っても、データが保存されないようなので、現状の最新ステーブル1.0.1と、trunkのコードを確認しました。
classes/usceshop.class.phpの974行目(usc_e_shop::admin_settlement_page()メソッド内)で、
unset($this->payment_structure['acting_zeus_bank']);
とありますが、
unset($this->payment_structure['acting_zeus_conv']);
ではないでしょうか。
コンビニ決済が無効の場合、入金お任せの設定がunset()されるように見受けられます。
ご確認よろしくお願いします。