カスタマイズによる不具合なのかどうか分かりませんが、次のような不具合があるように思います。
ショップで商品をカートに入れ
お客様情報を入力して、発送・支払方法へ進んだ時、
デフォルトで「お客様情報と同じ」にチェックが入っています。
この時点では、発送希望日は自分の住所をもとに
設定した配達日数が選択できる状態になっています。
ここで「別の発送先を指定する」にチェックを入れ、
郵便番号を入力して住所が自動入力されたとき、
配送希望日の選択できる日にちが、
発送先が配達日数が多くかかる地域になっても、
最初の自分の住所へ届ける時と同じままです。
(自動入力ではなく、都道府県を手動で選択すると
選択できる日にちは設定した通りになります)