こんにちは。
プラグイン（usc-e-shop）のファイルを書き換えてはいけません。あくまでカスタマイズはテーマファイル内で行うものです。
お困りのようですが、状況が全く分からないこちらとしましては説明のしようがございません。
一つ言えるのは、他のテーマをWelcart用にカスタマイズするのはPHPプログラミングが至る所で必要になりますので、PHP初心者の方には難易度は高くなります。一番間違いないのは、Welcart Default テーマを使い、デザインを変更するカスタマイズが良いのではないかと思います。
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