こんにちは。
商品編集画面の右上にある「表示オプション」から「抜粋」にチェックをすると、抜粋の登録フィールドが表示されます。
> 商品ページで全く記載のない内容がmeta descriptionに表示され、困っています。
すべてのSEOプラグインを把握しているわけではないので憶測なのですが、基本的には抜粋もしくは本文の一部が自動的に反映されているかと思います。
なので、「商品ページで全く記載のない内容」というのはありえず何かしら商品編集画面で入力された内容が反映されているのではないかと考えております。