こんにちは。
WCEX Auto Delivery では、Welcart Management>定期購入リスト>定期購入データ編集画面で、個別に商品の単価を変更してください。
Welcart Shop>商品マスターの商品の単価を変更してしまうと、初回購入時の金額が変更されます。
尚、配送を伴わない継続課金を導入されたいのであれば、WCEX Auto Delivery ではなく、WCEX DL Seller が妥当かと思います。決済モジュールに WelcartPay をご利用でしたら、会員ごとに次回の決済金額の変更が可能です。