すでに解決済みですが似た事で困っている人をSNSで見掛けますのでここに記しておきます。
今回の1.6.4のアップグレードでWelcart Default Theme内に以前このフォーラムで話題になったSSL向けの定義が追加されているようです。
その時のフォーラム
https://www.welcart.com/community/forums/topic/ssl-%E3%81%A7%E3%82%A8%E3%83%A9%E3%83%BC%E3%82%92%E5%87%BA%E3%81%95%E3%81%AA%E3%81%84%E3%81%8A%E3%81%BE%E3%81%98%E3%81%AA%E3%81%84%EF%BC%88%E5%AE%9F%E9%A8%93%EF%BC%89
独自SSLを利用し念のためと思いオリジナルのテーマや子テーマのfanction.phpにおまじないを追記していた人は、今回の1.6.4へのアップグレード前におまじない定義を削除してください。
削除しないと二重定義になりサイトの表示ができなくなります。
自分がすごく困った事案でしたので参考までに。