私もデフォルトで一つ目のものにチェックを入れられるように配送テーブルの直下にjsを書き出して処理しています。それに一行加えたものが以下のとおりです。functions.phpなどに記入すれば反映されると思います。
add_action('usces_item_master_second_section', 'my_usces_item_master_second_section', 10, 2);
function my_usces_item_master_second_section( $second_section, $post_id ){
$second_section .=
'<script type="text/javascript" charset="utf-8">
var dmet = jQuery( "#meta_box_product_second_box" ).find( "input[id^=itemDeliveryMethod]" );
var dmet_checked = false;
dmethods.each(function(){ if ( jQuery(this).is(":checked") ) dmet_checked = true; });
if ( !dmet_checked ) dmethods.first().prop({ "checked":"checked" }).change(); // 一つもチェックがない場合は最初のものにチェックを入れる
if ( dmethods.length === 1 ) dmethods.first().parents( "tr.shipped" ).hide(); // inputが一つしかない場合は列を隠す
</script>';
return $second_section;
}