WelcartというよりはWordpressの利用方法になるかと思います。
・管理画面内のみ、特定のCSSを読み込む
利用テーマ内に「○○○.css」(ファイル名は任意)を設置した後、テーマ「functions.php」内に以下を記述することで、設置したCSSを管理画面内のみで読み込むことが可能です。
if(is_admin()){
wp_enqueue_style('my-adminStyle', get_bloginfo('template_url')."/○○○.css");
}
※第1引数「my-adminStyle」は任意の文字列
※第2引数「○○○.css」は設置したCSSのファイル名
関数「wp_enqueue_style」に関しては以下
http://wpdocs.sourceforge.jp/%E9%96%A2%E6%95%B0%E3%83%AA%E3%83%95%E3%82%A1%E3%83%AC%E3%83%B3%E3%82%B9/wp_enqueue_style
これによりアップデートの影響を受けずに管理画面用CSSのカスタマイズが可能です。
ご参考までに。