すでに登録されているカスタムカスタマのデータを残したい場合は、データベースのusces_order_metaに登録されている会社名のkeyをcompanyに書き換える必要があると思います。
書き換えるデータが複数あるのであればSQLで書き換えると早いです。
データベースの修正は事前にバックアップを取っておいたほうがいいです。
書き換えたあと、カスタムカスタマーに登録されている既にある会社名項目を削除し、
新たにkeyをcompanyとしたものを登録すれば、受注リストにデータが残ったまま納品書
にも表示されるようになると思います。
ご自身でデータベースを修正するのが不安な場合はWelcartサーポートにご相談された
ほうがよいと思います。