追記です。
usc-e-shop/functions/define_function.php
このファイルの
1226行目 $cat_ids = wp_get_post_categories($post_id);
これをコメントアウトして、以下を追加してみました。
$terms = wp_get_post_terms($post_id);
$cat_ids = array();
foreach($terms as $term) $cat_ids[] = $term->term_id;
(これだとタグのIDも出力されるので、実際は、wp_get_post_termsの2番目のパラメータで、categoryと自分のtaxonomyを指定しています。)
これでタクソノミーも出力されるようになりましたが、一つ問題があります。
csvのカテゴリー列には、term_idがリストされて出力されますが、
このterm_idが、カテゴリーの他にtaxonomyにも使用されている場合、
カテゴリーとpostのrelationだけは登録されますが、
他のtaxonomyとpostとのrelationは消えてしまいました。
csv形式でいろいろなtaxonomyに対応するには、
term_idではなく、term_taxonomy_idで管理しなければいけないかもしれません。
他に何かあればまたお知らせいたします。よろしくお願いいたします。