こんにちは。
WP Custom Fields Search というプラグインをこちらでもインストールして試してみました。動作的にはWelcart と競合することなく使用できると思いました。
処理速度の件ですが、これはテストしている環境にどの程度データ(記事や商品)があるかで変ってきます。例えばリビジョンコントロールでデータの肥大化を抑えるなどの対策を行なうのも重要かと思います。
また、このサーチプラグインがどの様に検索しているかによっても大きく結果が変ってきます。
確かにWelcart はpostmeta をフル活用しています。
そもそもpostmeta は、key にはindex がかかっていますが、value にはかかっていません。そのValue をワイルドカードで検索する場合非常に処理が重くなります。カスタムフィールドなどpostmeta を多用しているサイトではこの手の検索は時間がかかるはずです。
一度Welcart を停止させてテストしてみてください。
Welcart との因果関係が見つかりましたらまたフィードバックしていただけると助かります。よろしくお願いいたします。