いえいえ。
404が出るのはたぶんSSLの設定によるものだと思います。まずそちらを解決しましょう。
さくらのレンタルサーバの情報ありがとうございました。
独自ドメインを取得すると共有SSLのドメインも変ってしまうんですね。僕はてっきり初期ドメインで共有SSLが利用できるものだと思っていました。こういうことですと確かに独自ドメインを取得した場合は、独自ドメインに対してSSLを契約しないといけないことになります。もしくはSSLを諦めることです。
システム設定のSSLの利用をオフにして下さい。
独自ドメインでSSLが利用できるようになったらもう一度正しい設定でオンにしてみてください。
恐らく404もそれで出なくなるのではないかと思います。